Prvou geneticky modifikovanou rastlinou bol rajčiak FLAVR SAVR, vyvinutý v roku 1989 spoločnosťou Calgene,Inc. Na trh v USA sa dostal v roku 1994. Bola v ňom úspešne potlačená produkcia enzýmu polygalaktonuráza, ktorá rozkladá pektín a spôsobuje mäknutie a hnitie plodu. V tomto prípade výrobcovia nepreniesli do rastliny gén pre novú bielkovinu, ale umelo vyrobený gén, ktorý bol doplnkovým obsahom génu pre polygalaktonurázu. Takýto gén sa označuje ako „antisense“ a v jeho prítomnosti sa významne potláča produkcia bielkoviny kódovanej pôvodným génom. Po „antisensovom“ rajčiaku nasledovala séria GM rastlín a v súčasnosti sa pestuje päť významných GM poľnohospodárskych plodín, a to bavlna, kukurica, sója, repka olejná a zemiak Pri každej transgénnej rastline sú v súčasnosti známe a vyčíslené úspory herbicídov, nákladov na transport, zvýšenie produkcie proteínov a ochrany prírody pred chemickými prípravkami biocídmi. Podľa mnohých vedcov práve geneticky modifikované rastliny by mali mať lepšie úžitkové vlastnosti ako prirodzené alebo prirodzene šľachtené druhy. Na trhu prevládajú rastliny odolné voči škodlivému hmyzu (Bt-rastliny) a rastliny odolné voči určitému typu herbicídu (chemicky prostriedok proti burine), tzv. Roundup Ready rastliny.
Bt-rastliny obsahujú gén (Bt gén) bežnej pôdnej baktérie Bacillus thuringiensis, kódujúcim jed, Bt-toxín. Bacillus thuringiensis (Bt) je baktéria voľne žijúca v pôde, produkujúca látku, ktorá zabíja škodcov kukurice alebo zemiaka. Roľníci túto toxickú látku používajú na postrekovanie voči škodcom. Vedci zistili, že ak do kukurice alebo zemiaka vložia gén, ktorý v Bacillus thuringiensis kóduje jeho toxín nie je potrebné ďalej postrekovať voči škodcom, pretože samotná rastlina si začína vyrábať jed potrebný na svoju ochranu. Bt-rastliny majú význam z hľadiska úspor herbicídov a v súčasnosti sú bežne dostupné na spotrebiteľskom trhu hlavne v USA (Bt kukurica, sója, bavlna a pokusne sa už pracuje aj na repke, ryži a rajčiakoch). Produkt baktérie je v nich prítomný počas celého života rastliny, ako aj počas jej konzumácie.
Niektorí vedci na základe mnohých výskumoch poukazujú na možné škodlivé dôsledky Bt-rastlín na necielené organizmy. Zistilo sa, že rôzne druhy Bt-kukurice obsahujúce Bt-gén produkujú vo svojich bunkách rovnakú látku ako baktéria Bacillus thuringiensis. Kukurica tak vyrába vlastný insekticíd. Táto toxická látka je prítomná v peli rastliny a pri jej kvitnutí sa dostáva do okolitého systému. Kukurica kvitne počas letných mesiacov, teda presne v čase larvárneho obdobia motýľov. Kukuričný peľ prenášaný vetrom padá na rastliny rastúce v blízkosti kukuričných polí. Húsenice motýľa Monarchu sťahovavého (Danaus Plexippus), ktoré sa týmito rastlinami živia, tak môžu byť ohrozené. Vedci na základe vykonaných pokusoch zistili, že húsenice, ktoré kŕmili a odchovávali na listoch posýpaných peľom z Bt-kukurice, jedli menej, rástli výrazne pomalšie a následne zahynuli. Po štyroch dňoch ich zahynulo až 44%. Vznikli domnienky, že smrť motýľov spôsobila jedovatá látka prítomná v peli Bt-kukurice. Novšie výskumy poukazujú na to, že prípadný účinok z peľu geneticky modifikovanej kukurice je možné akceptovať iba v prípade, ak sa prekrýva doba kvitnutia kukurice s dobou sťahovania motýľa Monarcha. „Bt-rastliny, ktoré ničia škodlivý hmyz, môžu súčasne otráviť aj hmyz užitočný a zároveň aj vznik rezistentného na Bt-toxín. Zo škodcov, ktoré sa na nich živia, prežijú len najodolnejší. Ak sa skrížia medzi sebou, bude ich potomstvo ešte odolnejšie. Ak sa skrížia s bežným súputnikom, potomstvo odolné nebude.“ (Lacinová, 2003) Pestovatelia by preto mali okolo polí s geneticky modifikovanými odrodami, ktoré produkujú vlastné insekticídy, ponechávať pruhy nemodifikovaných plodín ako liaheň neodolných potenciálnych partnerov.
Druhým najrozšírenejším typom geneticky modifikovaných plodín sú odrody rezistentné na herbicíd Roundup (RR plodiny), ktorý sa používa ako prostriedok na ničenie buriny. Jeho účinnou zložkou je glyfosfát, ktorý spoľahlivo hubí veľké množstvo buriny. V súčasnosti je známy enzým, ktorý glyfosfát rozkladá, čo umožnilo dopestovať rastliny, ktoré tento enzým vyrábajú a glyfosfát je pre ne neškodný. Na poli s týmito rastlinami môžu farmári vo veľkom množstve používať Roundup a tak efektívne vyhubiť všetko ostatné. Najrozšírenejšie RR plodiny sú sója, repka olejná, kukurica, bavlna.